Au sein des territoires métropolitains et ultramarins, l’Agence est représentée par des délégués territoriaux, à savoir les préfets de régions ainsi que leurs adjoints, les directeurs régionaux académiques à la jeunesse, à l'engagement et aux sports (DRAJES).

Ces derniers peuvent s’appuyer, au niveau régional, sur les référents équipements des DRAJES et, au niveau départemental, sur les services départementaux à la jeunesse, à l'engagement et aux sports (SDJES), qui constituent les services déconcentrés de l’État en charge des sports.

Les préfets de régions, délégués territoriaux de l’Agence, sont gestionnaires d’une partie des crédits de l’Etat qui leur sont délégués et sont consacrés au développement des pratiques sportives.

Les services déconcentrés constituent quant à eux l’interlocuteur privilégié du porteur de projet dans sa demande de subvention de fonctionnement (emplois, formations, audiovisuel) ou d’investissement (équipements ou matériels sportifs).

Ils l’accompagnent, l’orientent sur les divers dispositifs mis en œuvre, vérifient l’éligibilité de la demande et instruisent les dossiers de demande de subvention.